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　GPIOに繋げたテスト用のLEDを目視した範囲なので確実とは言えませんが、act_ledはカーネルの動作中を表す信号として使えそうです。
　pwr_ledとact_ledの挙動ですが、通電直後(再起動では一度終了した時)はデフォルト設定に戻っており電源パイロットとSDカードのアクセスランプとなっていますが、カーネルが起動して各種ドライバが読み込まれる前にcmdline.txtに書かれた設定がされます。GPIOも通電直後は初期化されており、Hi-ZかGNDになっているようでHは出力しません。
　つまり、act_ledをdefault-onにしてGPIOにオーバーライトすればカーネルが起動している時に点灯するLED、すなわちカーネルが起動していることを表す信号となるようです。
　電源が入った直後は端子の状態は不安定ですからワンショットが出るかもしれませんけどね。

　ならば、この信号を受けてUSBポートの電源を入り切りするようにすればいい。
　GPIOの信号を抵抗とコンデンサの時定数回路で受けて起動時ノイズの除去と遅延(0.5秒前後)を与え、シュミットトリガを通してヒステリンス特性とし、トランジスタを介してリレーを動かします。
　USBポートの電源は、ケースからの出力にキーストーンモジュールを使っていますので、バラシてケーブルを割り込ませます。
　懸念は、このオフ時間でUSBハブが再起動リセットされるかです。3-4秒はあるので行けると思いますが、確実なリセットになるかは試さないとわかりません。

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